Pierwsze ślady Instytutu Kresowego sięgają czasów ś.p. Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego. Za  jego kadencji 21 września w 2006 r. na sesji Rady Warszawy stołeczni radni z PIS-u  wraz z trójką młodych samorządowców przyjęli uchwałę o utworzeniu pierwszej naukowo-edukacyjnej placówki zajmującej się historią Kresów – „Instytut Kresowy”.

Do zadań instytutu miało należeć dokumentowanie i prowadzenie badań nad historią i kulturą Kresów. Władze PiS-u przyczyniły się do tego, że w grudniu 2006 r. Instytut rozpoczął swoją działalność w swej warszawskiej siedzibie, w dzielnicy Praga, przy placu gen. Józefa Hallera. Dyrektorem instytutu został dr Robert Wyszyński.  Była to pierwsza siedziba, w której spotykały się setki  Kresowiaków z towarzystw kresowych z kraju i z zagranicy. Pan prezydent Lech Kaczyński był wielkim sympatykiem Kresów, doskonale znał historię i mentalność zamieszkującej je polskiej społeczności stając w obronie praw polskiej mniejszości narodowej na tych ziemiach. Nic dziwnego, gdyż Jego małżonka Maria z domu Mackiewicz – wierna towarzyszka życia pochodziła z  pięknych kresowych terenów w pobliżu Naroczy.

Chciałbym podkreślić, iż obecnie działa ponad 300 towarzystw i organizacji kresowych w kraju i za granicą. Osobiście wielokrotnie uczestniczyłem w spotkaniach z ich członkami. Były one miłe i wzruszające, do tego oprócz pracy naukowej i edukacyjnej można było skorzystać z unikalnej wiedzy tych rdzennych mieszkańców kresowych miast i małych osad. A ile radości  i uśmiechu  było na ich twarzach podczas wspomnień o przeszłości.

W 2009 roku Prezydent Warszawy Hanna Gronkiewicz-Waltz likwiduje nasz Instytut – sztandarowy projekt Stołecznego PiS-u – jedyną w kraju instytucję zajmująca się ochroną i rozpowszechnianiem kultury kresowej, miejsce spotkań Kresowiaków mieszkających w Warszawie i w Polsce (kresowy rodowód ma ponad 5 mln polskich obywateli).

Organizacje kresowe nieustannie walczyły o odrodzenie  Instytutu i 20 marca 2010 roku z inicjatywy ich członków doszło do  spotkania założycielskiego. Wybrano Zarząd Stowarzyszenia na czele z przewodniczącym b. płk. Janem Niewińskim, rodakiem z Kresów, który podczas wojny brał udział w samoobronie na Kresach Wschodnich w walce z banderowcami. Po wojnie zaś służył w milicji obywatelskiej, a następnie działał w klubie sportowym „Gwardia”. Praktycznie i teoretycznie instytut zajmował się jedyną i bardzo istotną problematyką – ludobójstwa na Wołyniu i Zachodniej Ukrainie, gdzie UPA, Banderowcy i SS-Galicjen zamordowali ponad 200 tysięcy polskich obywateli.

Drugim ważnym celem było postawienie pomnika w Warszawie upamiętniającego ludobójstwo na Polakach  dokonane przez ukraińskich nacjonalistów.

Ze względu na wiek Pana Niewińskiego w 2014 roku przewodniczącym Instytutu  zostaje dotychczasowy wiceprezes profesor Leszek Stanisław Jankiewicz, którego rodzice pochodzili z Kresów Wschodnich, tj. dokładnie  z Gródka Jagiellońskiego, zasłużony naukowiec z zakresu fizjologii roślin, autor wielu książek z tej dziedziny. Brał czynny udział w stowarzyszeniu. Pan Jankiewicz  oprócz tematyki dotyczącej tragedii Wołynia poruszał inne ważne zagadnienia, dotyczące  młodzieży, czy roli wspólnoty chrześcijańskiej na Kresach.

Ze względu na wiek w 2015 r. Pan profesor rezygnuje z przewodnictwa Instytutowi, a  Jego miejsce zajmuje Pan Zygmunt Grochowski – Kresowiak z Wilna, założyciel pierwszej polskiej organizacji młodzieżowej w Wilnie, w  okresie powojennym, wieloletni dyplomata RP na Kresach, działacz organizacji kresowych, wiceprezes Stowarzyszenia Instytut Kresów Rzeczypospolitej .

Na posiedzeniu Stowarzyszenia Instytut Kresów  RP Zygmunt Grochowski reformuje program. Zostają powołane   niżej wymienione Wydziały:

1. Organizacyjny (weryfikacja ,kontakty, wpłaty członkowskie)
2. Kultury, Macierzy Szkolnej i Dziedzictwa Narodowego
3. Sportu i Rekreacji
4. Finansów i szkolenia

oprócz tego zostają zatwierdzone zespoły problemowe  ds.: odznaczeń, kombatantów, upamiętniania miejsc pamięci narodowych, poprawek i badań historycznych, dziennikarzy -prasy i mediów, poetów, pisarzy ludzi sztuki z współczesnych kresów. Pan prezes skierował działalność Instytutu z przeszłości w stronę teraźniejszości, twierdząc, iż polskość na Kresach nie umarła, a żyje i walczy o swój byt tworząc nowych współczesnych bohaterów, poetów, pisarzy, naukowców, którzy sławią nie tylko swoje państwa, w których obecnie  zamieszkują, ale i swą ojcowiznę  skąd pochodzi ich rodowód,  z czego my jesteśmy dumni.

Stowarzyszenie powstało z inicjatywy patriotycznych organizacji kresowych działających w Polsce, sympatyków  z III RP, a przede wszystkim  obywateli polskich związanych rodowodem z Kresami II RP. Większość Polaków  Kresowych przyjechało do Polski w wyniku przesiedlenia i repatriacji z terenów Kresów Wschodnich. W 1945 roku z terenów Litwy Radzieckiej przesiedlono 150 tys. Polaków spośród 380.tys. zarejestrowanych do wyjazdu na teren obecnej Polski; z Ukraińskiej SRR przesiedlono 800 tys. takich osób; z Galicji Wschodniej 650 tys. Polaków; z  Białoruskiej SRR  przesiedlono 230 tys. spośród 530 tys. zarejestrowanych; z głębi Rosji, w latach 1945-1948 spośród byłych  zesłańców, łagierników i uchodźców  przesiedlono  270 tys. obywateli polskich. W latach 1955-1959 z Ukrainy przesiedlono w trakcie repatriacji 855 tys. osób; z Białorusi 520 tys.

Cyfry wskazują, iż  prawie trzykrotnie więcej Polaków przesiedlono z Kresów  Południowo-Wschodnich, niż Zachodnich. W związku z czym  na terenie obecnej Polski organizacji i stowarzyszeń kresowych funkcjonowało trzykrotnie więcej  z Kresów Wschodnich,  niż z Zachodnich.